Nato a Siena nel 1977, Mauro Conti si è diplomato in flauto nel 1998 al Conservatorio Santa Cecilia di Roma, nella classe di Gian Luca Petrucci.
Con un vasto repertorio che spazia dal barocco al contemporaneo, ha tenuto una lunga serie di concerti in Italia e all'estero, suonando come solista sia nel repertorio cameristico sia in quello con orchestra. Per la musica da camera, collabora da molti anni stabilmente con il pianista Alessandro Stella e con l'arpista Barbara Da Parè. Ha inoltre suonato, anche ricoprendo il ruolo di prima parte, in diverse orchestre nazionali e internazionali.
Mauro Conti ha spesso eseguito opere in prima esecuzione assoluta. Recentemente i compositori Sergio Calligaris (Argentina) e Daniel Matrone (Francia) hanno dedicato loro composizioni al duo con Alessandro Stella, in occasione del decimo anno di attività di questa formazione. Da ricordare, inoltre: la prima esecuzione in tempi moderni, con l'Orchestra del Conservatorio di Santa Cecilia, del Gratias agimus di Gaetano Donizetti per soprano, flauto obbligato e orchestra; la prima esecuzione italiana della Suite classica per flauto e pianoforte di Sergio Calligaris; l'esecuzione a Roma, in occasione della II Edizione del Festival Internazionale di Musica del Novecento, di musiche per flauto e suoni sintetizzati in tempo reale con il sistema SAIPH sviluppato dall'Università di Tor Vergata.
Molto attivo anche come direttore d'orchestra e di coro, Mauro Conti ha diretto, tra le altre, l'Orchestra di Stato Rumena di Satu Mare, l'Orchestra del Teatro dell'Opera di Cluj, l'orchestra Filarmonica di Kharkov (Ucraina), l'Orchestra ICO della Magna Grecia, e collabora assiduamente con l'Orchestra "Roma Ensemble" con la quale ha esordito come direttore nel 2001 in un concerto che lo ha visto anche nella veste solista nell'esecuzione dell'integrale dell'opera X di Antonio Vivaldi. Con queste e altre orchestre ha diretto con successo anche molti allestimenti operistici. Si ricordano, fra l'altro, Il Barbiere di Siviglia di Rossini, La Traviata di Verdi, Bastiano e Bastiana di Mozart, Bohème e Tosca di Puccini, Carmen di Bizet.
Esecutore e ricercatore di musica popolare antica, Mauro Conti cura gli arrangiamenti del gruppo strumentale "Terre Note", col quale si esibisce in veste di polistrumentista e cantante. Il suo eclettismo musicale lo ha portato inoltre a collaborare con Tito Schipa jr. per la nuova orchestrazione della sua famosa opera rock Orfeo 9, andata in scena per la prima volta a Roma nel 1970.
Mauro Conti insegna in diversi istituti pubblici e privati a Roma ed è direttore dell'Accademia Musicale Sondriese "Antonio Lamotta", presso la quale tiene corsi internazionali di perfezionamento flautistico.
Suona su uno strumento d'epoca: un Louis Lot costruito da Henri Villette nel 1876 e appartenuto a importanti flautisti italiani.